Una coraggiosa resistenza non bastò a salvare l’antica repubblica di Siena contro gli eserciti alleati dell’imperatore Carlo V e del duca di Firenze, Cosimo de’ Medici, che, al termine di un lunga guerra, nel 1557 ebbe in feudo l’antico Stato senese. I senesi ottennero però di mantenere alcune antiche magistrature e fu accettata la loro richiesta di poter riprendere l’attività del Monte Pio che il 14 ottobre 1568 ebbe un nuovo statuto, conforme a quello del Monte di pietà di Firenze. I documenti contabili del Monte Pio testimoniano il progressivo sviluppo del credito agricolo e fondiario e del prestito fruttifero.
Nel 1580 con l’assunzione del servizio di esattoria dell’Ufficio pubblico dell’Abbondanza il Monte Pio confermò il suo ruolo di banca pubblica. La convinzione di dover ampliare le azioni di beneficenza del Monte Pio spinsero i cittadini senesi a chiedere la creazione di un nuovo istituto bancario, che potesse fornire un sostegno finanziario all’economia cittadina in difficoltà. In particolare la nuova banca avrebbe dovuto agevolare gli agricoltori e gli allevatori di bestiame, nonché alcune istituzioni cittadine, permettendo anche forme di deposito di capitali privati. Il Granduca accolse la richiesta, ma a condizione che a garanzia dell’istituzione della nuova banca fossero vincolate le rendite dei pascoli demaniali della Maremma.
Nel 1624 si giunse quindi alla fondazione del nuovo istituto, che doveva essere amministrato da otto cittadini appartenenti alla classe nobile. Le rendite dei pascoli maremmani detti “Dogana dei Paschi” (da cui derivò il nome del Monte dei Paschi) furono divise in porzioni del valore di cento scudi, da collocarsi presso i risparmiatori attraverso titoli che garantivano una rendita annuale del 5%.